學科交叉與融合是兩個有緊密關聯而側重點又有一定區別的概念。

　　交叉，主要指匯集。如各種方法、各種資料、各種技術在同一個問題研究中分別使用，最終將它們的能力與作用匯集在一起。“匯”從“水”，更似水流聚集。因此更多的是在物理層次、量變層次上的匯集。廣西著名的邕江，由左江、右江等三條河聚集而成，所以邕字頭上三江水，“邕”在壯語中的意思就是匯集。這實際上就是系統科學中的“集成”思想。

　　融合，更強調相互滲透，合為一體。而“一體”后的事物，既不是融合前原來的“這個”，也不是原來的“那個”，而是產生了“非此非彼”又“即此即彼”的新內涵。例如，生命科學中的細胞融合（Cell Fusion），又稱細胞雜交（Cell Hybridization），就是指兩個或多個細胞相互滲透，結合成一個新細胞的現象。體外動物細胞的融合，多用一些誘導物質來制得一種新品系的雜交細胞（Hybrid Cell），而這種雜交細胞一般具有很強的生命力，增殖旺盛，這就是融合的意義所在。所以，融合更多的是在化學層次、生命層次、質變層次上的結合。這就是系統科學中的“綜合”思想。

　　在社會科學領域，對社會現象及其規律的研究，既包括宏觀問題，也包括微觀問題；既包含結構性問題，也包含非結構性問題；既包含可定量的問題，也包含難以定量的定性問題；即使一個領域的同一類問題，也有研究目的不同、研究視角不同、研究者學術偏好不同的差異性，因此，在社會科學研究中，不能只依一個理念、從一種角度、用一種方法、使一種工具就能解決問題，特別是當前我們一般遇到的都是較為復雜的社會現象與問題，這就更需要我們在研究社會科學問題時，把社會科學、自然科學與人文科學相結合、科學理論與實際經驗相結合、定性與定量相結合、人與計算機相結合，并使這些結合相互滲透、合為一體、即形成融合，融合不僅能涌現出新的前所未有的研究能力，還能涌現出前所未有新的學科分支與學科領域。

　　由此可見，社會科學研究既要運用學科交叉又要運用學科融合，這在系統科學思想中，就是既要集成，又要綜合，還需要在集成之上綜合，在綜合之上集成，即所謂運用綜合集成思想。

　　眾所周知，系統科學中的綜合集成思想是我國以錢學森為首的系統科學家歷經幾十年探索提出的認識、研究和處理復雜系統問題、體現東方哲學智慧與文化特征的方法論。社會系統是典型的復雜巨系統，因此，學科交叉與融合自然應該成為社會科學研究具有重要指導意義方法論原則。

　　十多年前，我們在研究工作中不斷發現，所研究的社會經濟問題日趨復雜，如重大工程管理問題不僅涉及到工程技術，而且涉及到社會、經濟、環境與人文領域，干系人不僅有政府、企業，而且關系到數量巨大的公眾，因此，常因問題變量多、隨機性強以及要素關聯復雜而無法建立問題的數學模型，至于單純的定性方法更缺乏分析問題的深刻性與精細化，這在很大程度上反映了傳統的社會科學研究方法在復雜社會問題面前的“窘迫性”。

　　從2001年起，我們開始運用以復雜系統為基本理論，綜合博弈論、運籌學和統計分析等數學方法、人工社會、元胞自動機、多主體系統、心理學、行為科學、文化基因等多學科交叉的計算實驗方法開展對復雜社會系統多要素行為、宏微觀層次之間相互影響以及系統整體狀態演化規律的研究，研究領域涉及到經濟系統演化、公共管理、環境綜合治理、重大工程管理等，取得了一定的成功。2006年，南京大學從“大社科”理念出發，正式成立了“南京大學社會科學計算實驗中心”，并提供了專門的經費及其他資源，保證了中心的正常運轉和持續發展。中心的學術指導思想為“綜合性、開放式、創新性、國際化”。僅2008年以來，中心就先后承擔了國家社科基金重大項目、國家自然科學基金重點項目、國家科技支撐計劃項目等，在《上海三聯書店》出版社、《科學出版社》出版了一批學術著作，在國際學術刊物上發表了數十篇學術論文，獲得教育部科技進步一等獎，取得了較好的研究成果。目前，除南大幾個社科類學院外，還有江蘇四五所高校的研究人員以該中心為平臺，合作開展社會科學跨學科研究，較好地體現了跨地區、跨單位和跨學科的綜合優勢。